В годы Великой Отечественной войны получает назначение командиром дивизиона торпедных катеров. Принимает участие в обороне Одессы, Севастополя и Кавказа, а также в освобождении Новороссийска и Крыма. Торпедные катера под командованием мичуринца отконвоировали 198 советских судов, поставили на вражеских коммуникациях 200 мин, высадили 1600 десантников, потопили два вражеских транспорта, четыре десантных баржи, сторожевой катер, сбили три самолёта, а также спасли с повреждённых фашистами кораблей 350 человек. 16 мая 1944 года за «мужество и героизм, проявленные в боях» капитан-лейтенант Сергей Котов был удостоен высокого звания Героя Советского Союза.
В сентябре 1950 года его командировали в Китайскую Народную Республику в качестве военного советника. По возвращении в 1952 году из Поднебесной назначили начальником полигона ВМФ в Феодосии. В 1959 году Сергею Николаевичу присвоили воинское звание контр-адмирала. В декабре 1970 года он вышел в отставку. Прославленный уроженец города Козлова-Мичуринска отлично проявил себя и на гражданской работе. 18 лет он посвятил предприятию «КБ «Новатор», где трудился в должности старшего инженера. В июле 1988 года вышел на пенсию. 16 октября 1999 года на 88-м году жизни Сергей Николаевич скончался.